Các trường hợp được hoàn thuế GTGT điện tử:

Hoàn thuế GTGT điện tử hiện là hình thức hoàn toàn mới và đã được thí điểm triển khai cở một số tỉnh thành trong cả nước. Các cơ quan thuế được chọn áp dụng thí điểm phải có trách nhiệm lựa chọn NNT có hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đáp ứng được các tiêu chí của Tổng cục Thuế đưa ra và thuộc các trường hợp sau:

- Hoàn xuất khẩu.

- Hoàn dự án đầu tư có số thuế đủ điều kiện hoàn thuế thuộc các tỉnh thành đã triển khai thí điểm hoàn thuế GTGT điện tử.

- Ðề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định tại Luật Thuế GTGT.

NNT được cơ quan thuế lựa chọn sẽ tự xác định số tiền thuế giá trị gia tăng đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Hồ sơ hoàn thuế GTGT điện tử  gồm:

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN theo mẫu quy định;

- Các tài liệu khác theo quy định tại các điều từ Ðiều 50 - Ðiều 56 (trừ Ðiều 53) của Thông tư số 156/2013/TT-BTC;

- Văn bản giải trình, tài liệu bổ sung văn bản huỷ đề nghị hoàn thuế (trong trường hợp bổ sung hoặc hủy hoãn thuế).

Quy trình lập và gửi hồ sơ hoàn thuế GTGT điện tử gồm 3 bước:

- Bước 1: NNT thực hiện lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế;

- Bước 2: NNT nhận thông báo từ cơ quan thuế qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế về việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử, việc xác nhận nộp và thời gian trả lời kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế điện tử;

- Bước 3: NNT nhận kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế điện tử (các thông báo, quyết định trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế) từ cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Trường hợp NNT muốn giải trình, bổ sung thêm các thông tin, tài liệu, huỷ hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử, thì sẽ thực hiện các thao tác trên bằng cách gửi những văn bản giải trình, hồ sơ bổ sung thông tin hoặc gửi văn bản hủy đề nghị hoàn thuế qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Ðối với hồ sơ khai thuế đã có đầy đủ các nội dung khai đề nghị hoàn thuế thì thực hiện đồng thời 2 việc lập và gửi hồ sơ khai thuế điện tử. Ðối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế là giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN và các tài liệu kèm theo thì NNT sẽ thiết lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế, ký điện tử và nộp tiền đến cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

- Bước 4: Sau khi tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế của NNT qua mạng, cơ quan thuế sẽ gửi quyết định hoàn thuế, hoặc quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN cho NNT qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, hoặc của tổ chức cung cấp dịch vụ truyền nhận dữ liệu điện tử trung gian.

Cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử của NNT qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Ðồng thời, gửi thông báo về việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử ngay sau khi NNT gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử. Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tự động cập nhật hồ sơ đề nghị hoàn thuế điện tử vào hệ thống TMS để xử lý. Hệ thống TMS tự động thực hiện kiểm tra các quy tắc nghiệp vụ cơ bản trên giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN của NNT. Trường hợp cập nhật thành công: Hệ thống TMS chuyển trạng thái xử lý hồ sơ đến cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để tạo thông báo về việc xác nhận nộp và thời gian trả kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế điện tử gửi NNT... Thông qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, NNT cũng có thể tra cứu tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế, các vướng mắc hoặc yêu cầu bổ sung hồ sơ, giấy tờ kèm theo thông qua mạng. Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau: Cơ quan thuế thực hiện các thủ tục ban hành thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau/quyết định kiểm tra thuế đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau và chuyển thành văn bản điện tử gửi người nộp thuế qua cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế. Ðồng thời, cập nhật thời hạn xử lý hồ sơ trên hệ thống TMS. Trong vòng 6 ngày kể từ ngày nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế, NNT sẽ nhận được kết quả trả lời về hồ sơ đề nghị hoàn thuế từ cơ quan thuế.