Theo các chuyên gia trên thế giới về di truyền học hình sự, Đề án xác định danh tính hài cốt liệt sĩ là công trình giám định quy mô lớn nhất thế giới, với số lượng mẫu khổng lồ và rất nhiều thách thức về kỹ thuật. Phần lớn các mẫu hài cốt đã bị phân hủy mạnh trong môi trường nhiệt đới, các mẫu ADN tách chiết được có số lượng ít, chất lượng kém. Trong đó, các mẫu ADN bị đứt gãy mạnh, lẫn với ADN của vi sinh vật và các chất ức chế ảnh hưởng tới quá trình nhân bản gien. Trung tâm Giám định ADN đã tham vấn ý kiến của nhiều chuyên gia thế giới, chọn công nghệ giám định gien hài cốt liệt sĩ dựa trên nguyên tắc di truyền theo dòng mẹ (hệ gien ty thể), cho phép xác định mối liên hệ huyết thống giữa mẫu giám định với mẫu đối chứng thuộc mẹ, bà ngoại, dì,…của liệt sĩ. Trong hài cốt, gien ty thể là vật liệu di truyền còn lại duy nhất có thể sử dụng để phân tích gien, trong các mô xương, răng ADN ty thể được bảo quản tốt nhất. PGS, TS Phí Quyết Tiến cho biết, trong giám định gien, có nhiều phương pháp được áp dụng như phân tích hệ gien nhân, phân tích gien ty thể. Phương pháp phân tích hệ gien nhân đòi hỏi phải có được ADN nhân nguyên vẹn, nên khó áp dụng đối với các mẫu hài cốt lâu năm do ADN nhân thường đã bị đứt gãy, phân hủy dưới tác động của môi trường như: Nhiệt độ, ánh sáng, tia tử ngoại và các yếu tố sinh học như vi khuẩn, enzyme… Các chuyên gia cũng đã tham khảo công nghệ phân tích hệ gien nhân của nhiều nước đang sử dụng để giám định hài cốt, tuy nhiên công nghệ đó chưa phù hợp đối với các mẫu hài cốt liệt sĩ tại Việt Nam vì chất lượng mẫu xương kém, bị phân hủy bởi ảnh hưởng của khí hậu nhiệt đới, nóng, ẩm nước ta. Do đó, các nhà khoa học quyết định chọn công nghệ phân tích gien ty thể để phù hợp trong điều kiện mẫu xương giám định lâu năm, bị phân hủy như hiện nay.
Công nghệ giám định gien luôn được hoàn thiện để phục vụ nhiệm vụ xác định danh tính liệt sĩ hiệu quả hơn. Hiện nay, các vật tư, hóa chất phục vụ cho giám định đã có nhiều cải tiến, máy giải trình tự gien hiện đại hơn. Một số đơn vị nghiên cứu nước ngoài cũng quan tâm và sẵn sàng chia sẻ, hỗ trợ nhiệm vụ xác định danh tính hài cốt liệt sĩ do Viện CNSH đang tiến hành và có đề nghị hợp tác, giúp đỡ. Từ việc thực hiện đề án đã mở ra nhiều quan hệ hợp tác về KH và CN với các đối tác nước ngoài. Hiện nay, Viện CNSH đang nỗ lực hợp tác với các tổ chức quốc tế như Cơ quan Phát triển quốc tế Hoa Kỳ (USAID), Phòng Thí nghiệm xác định ADN thuộc Căn cứ Không quân Hoa Kỳ (AFDIL) tại Dover và Ủy ban Quốc tế về người mất tích (ICMP) tại Bô-xni-a và Héc-xê-gô-vi-na để phát triển Trung tâm Giám định ADN, nhằm mục tiêu trở thành đơn vị hạt nhân về tách chiết và phân tích giám định ADN các mẫu xương lâu năm. Bên cạnh đó, các nhà khoa học luôn xác định cần nâng cao năng lực để khai thác các thông tin di truyền từ mẫu hài cốt liệt sĩ thông qua các công trình nghiên cứu khoa học.
Các nhà khoa học cho rằng, việc định danh hài cốt liệt sĩ thông qua giám định gien là một sự khẳng định về trình độ và trí tuệ Việt Nam trong việc nghiên cứu và ứng dụng công nghệ cao vào việc giải quyết những vấn đề thiết thực của đất nước chúng ta hôm nay. Tuy vậy, hiện nay, những người làm công tác giám định gien hài cốt liệt sĩ vẫn nhiều trăn trở khi có đến 50% số mẫu hài cốt giám định không cho ra kết quả, do mẫu xương kém vì tác động của môi trường. Vì vậy, cần nghiên cứu hoàn thiện các quy trình phân tích để đẩy nhanh tiến độ thực hiện yêu cầu giám định, do mẫu hài cốt liệt sĩ có chất lượng giảm đi theo thời gian. Ngoài ra, các đơn vị giám định cần tăng cường nhân lực; có cơ chế thanh quyết toán chi phí giám định phù hợp hơn; Trung tâm Giám định ADN cần sớm được bố trí kinh phí đầu tư theo dự án đã được duyệt, góp phần triển khai giám định hiệu quả, hoàn thành nhiệm vụ được giao.