Để hướng dẫn rõ hơn các trường hợp tính tiền chậm nộp thuế sau ngày 1/7/2016. Ngày 25/7/2016 Bộ Tài chính có Văn bản số 10315/BTC-TCT, về việc thực hiện Luật số 106/2016/QH13, ngày 6/4/2016 của Quốc hội về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế. Theo đó, đối với khoản nợ tiền thuế phát sinh trước ngày 1/7/2016 nhưng sau ngày 1/7/2016 vẫn chưa nộp thì từ ngày 1/7/2016 chuyển sang áp dụng mức tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày.
Tại Khoản 3, Điều 3 Luật số 106/2016/QH13 ngày 6/4/2016 quy định: “NNT chậm nộp tiền thuế so với thời hạn quy định, thời hạn gia hạn nộp thuế, thời hạn ghi trong thông báo của cơ quan quản lý thuế, thời hạn trong quyết định xử lý của cơ quan quản lý thuế thì phải nộp đủ tiền thuế và tiền chậm nộp theo mức bằng 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế chậm nộp.
Đối với các khoản nợ tiền thuế phát sinh trước ngày 1/7/2016 mà NNT chưa nộp vào ngân sách Nhà nước, kể cả khoản tiền nợ thuế được truy thu qua kết quả thanh tra, kiểm tra của cơ quan có thẩm quyền thì được chuyển sang áp dụng mức tính tiền chậm nộp theo quy định tại Khoản này từ ngày 1/7/2016”.
Ví dụ: Doanh nghiệp A có số thuế giá trị gia tăng phát sinh của quý I/2016 là 100 triệu đồng, thời hạn cuối cùng phải nộp là 30/4/2016, nhưng đến ngày 20/7/2016 doanh nghiệp A mới thực hiện nộp khoản thuế này. Như vậy, doanh nghiệp A sẽ phải nộp tiền chậm nộp và tính theo tính theo 2 mức: Từ ngày 1/5 - 30/6/2016 áp dụng mức tính chậm nộp là 0,05%/ngày. Từ ngày 1 - 19/7/2016 áp dụng mức tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày.
Trường hợp NNT khai thiếu tiền thuế của kỳ thuế phát sinh trước ngày 1/7/2016 nhưng sau ngày 1/7/2016, cơ quan Nhà nước có thẩm quyền phát hiện qua thanh tra, kiểm tra hoặc NNT tự phát hiện thì áp dụng tiền chậm nộp theo mức 0,05%/ngày (hoặc mức phù hợp quy định của văn bản pháp luật từng thời kỳ) từ ngày phải nộp theo quy định của pháp luật đến hết ngày 30/6/2016 và theo mức 0,03%/ngày tính trên số tiền thuế khai thiếu từ ngày 1/7/2016 đến ngày NNT nộp vào ngân sách Nhà nước.
Ví dụ: Doanh nghiệp B đã khai tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2015 và đến hết ngày 31/3/2016 đã nộp hết số thuế phát sinh phải nộp trên tờ khai. Nhưng đến ngày 20/7/2016 doanh nghiệp B, phát hiện khai sai và phải làm tờ khai bổ sung, số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp thêm là 30 triệu đồng. Số tiền thuế phải nộp bổ sung (30 triệu đồng) cũng sẽ áp dụng mức tính tiền chậm nộp theo 2 mức: Từ ngày 1/4 - 30/6/2016 áp dụng mức tính chậm nộp là 0,05%/ngày; từ ngày 1 - 19/7/2016 áp dụng mức tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày.